Segun dicen las reglas la art rebaja la proteccion a 0 a todos salvo Lh y LI. Mi pregunta es, una art que dispare sobre una unidad con armadura. Dicha unidad podria sumar su armadura a la pr, o la reduccion a 0 es despues de aplicar armadura?

NO. Siempre es 0. como dices salvo la LI y HI que tienen 1 de protección pero no por armadura, si no por ser pocos. Es parecido a la ballesta, que da 1 de protección seas quien sea la plaqueta y la protección que tenga.