Año entre 2080 y 2090.

La Corporación Weyland-Yutani (la de siempre), investigando las armas Alien obtenidas en el pasado (Alien vs Predator 1 y 2, Predator 1 y 2), descubre en varias partes del planeta una serie de dibujos de distintas culturas prehistóricas que son iguales: en esos dibujos se muestra a una raza del cielo, alguien que nos visitó en el pasado.

Se fleta una nave a las coordenadas marcadas en los dibujos y lo que descubre dicho equipo es una nave con muchos signos humanos: la de los Space Jockeys (la que se descubre en Alien 1, para entendernos, por parte de Ripley y cía). Dicha nave muestra a los humanos que la raza de Space Jockeys es una especie de raza de pastores genéticos: van creando vida de manera genética en diversos mundos, y dejando que evolucione, con la esperanza de que alguno de sus hijos "madure" y les visite en el futuro... Como acaba pasando ahora.

El problema? Que los humanos, tras el sorprendente descubrimiento, intentan usar la tecnología de los Jockeys para jugar a ser Dios... Sería el fin de todas las enfermedades humanas, casi la inmortalidad... Y los Jockeys, viendo la traición de sus hijos, liberan su "defensa"... una raza que sólo han usado en ocasiones de exterminio completo para corregir los errores de sus hijos... Los ALIENS. Y... así terminará Prometheus, con la aparición de los ALIENS de toda la vida"